Aún cuando ya se ha renovado el Gobierno del Estado de México, varias instituciones no sufrirán ajustes al ser órganos autónomos, y no estar subordinados al Ejecutivo, entre ellos: la Fiscalía General de Justicia del Estado de México, la Comisión de Derechos Humanos estatal, el Instituto Electoral de la entidad, el Tribunal Electoral electoral local, el Instituto de Transparencia, el Tribunal de Justicia Administrativa y la Universidad Autónoma del Estado de México.
Anteriormente, el fiscal general de Justicia era parte del gabinete estatal, pero desde hace unos años, a partir de reformas que se hicieron, todas las fiscalías son entes autónomos y su titular es nombrado por la Legislatura mexiquense.
Se ha buscado que los nombramientos no coincidan ya con los periodos de las o los mandatarios, a fin de garantizar mayor independencia.
De acuerdo con la ley, los órganos autónomos tienen personalidad jurídica y patrimonio propios, autonomía presupuestal, técnica y de gestión; así como la capacidad de decidir sobre el ejercicio de su presupuesto.
Ahora, algunos nombramientos como los de carácter electoral, incluso vienen de instituciones federales o del propio Senado de la República, y un caso aparte es la UAEMéx, que tiene autonomía y a la o el rector lo elige su Consejo Universitario.
Fiscalía
El Ministerio Público anteriormente se integraba en una Procuraduría General de Justicia, que ahora se denomina fiscalía y es un órgano público autónomo, encargado de la investigación y persecución de delitos. Además cuenta con fiscalías en materia de delitos electorales y anticorrupción.
La o el fiscal duran en su cargo nueve años y son designados y removidos por la Legislatura mexiquense, la cual, para elegirlo debe enviar al Ejecutivo una lista de hasta 10 personas candidatas, y éste a su vez envía una terna, con base en la cual las y los diputados les citan a comparecer y designan a la persona titular, quien anualmente presenta un informe de actividades ante Legislativo y el Ejecutivo.
Infoem
El Instituto de Transparencia, Acceso a la Información Pública y Protección de Datos Personales del Estado de México y Municipios (Infoem,) también es un órgano autónomo, especializado e imparcial, colegiado, con personalidad jurídica y patrimonio propio, enfocado a garantizar el cumplimiento del derecho de transparencia, acceso a la información y a la protección de datos.
Se integra por cinco comisionadas o comisionados, quienes duran en su encargo siete años, nombrados por la Legislatura, previa consulta a la sociedad.
IEEM
El Instituto Electoral del Estado de México (IEEM) también está dotado de personalidad jurídica y patrimonio propios y se integra por una o un consejero presidente y seis consejerías más, con derecho a voz y voto, quienes son designados por el Consejo General del Instituto Nacional Electoral (INE).
Las consejerías duran en su encargo siete años, sin posibilidad de ser reelectos.
El IEEM se encarga de la organización, desarrollo y vigilancia de los procesos electorales para las elecciones de gubernatura , diputaciones locales y de integrantes de ayuntamientos junto con el INE.
TEEM
El Tribunal Electoral del Estado de México (TEEM) es un ente autónomo de carácter permanente, con personalidad jurídica y patrimonio propios, independiente en sus decisiones y se compone de cinco magistraturas designadas por el Senado de la República.
El TEEM se encarga de resolver de forma definitiva e inatacable las impugnaciones en contra de actos y resoluciones del IEEM, de conflictos o diferencias laborales entre el tribunal electoral y sus personas servidoras y entre el Instituto electoral y sus trabajadores; así como determinaciones sobre imposición de sanciones por parte del IEEM.
Codhem
La Comisión de Derechos Humanos del Estado de México también es un organismo autónomo para la protección de esos derechos, el cual conoce de quejas, de actos u omisiones de naturaleza administrativa de cualquier autoridad, personas servidoras públicas, municipios. Tiene autonomía de gestión y presupuestaria, personalidad jurídica y patrimonio propio.
Su titular es elegido por la Legislatura, su encargo dura cuatro años, con posibilidad de ser reelecto una sola vez, y para su elección, el Congreso local consulta a la sociedad civil, a organismos públicos y privados de defensa de Derechos Humanos para posteriormente proponer una terna de candidatas y candidatos, y de ahí, se elige a quien ocupará el cargo
TRIJAEM
El Tribunal de Justicia Administrativa del Estado de México también es un órgano dotado de plena autonomía para dictar sus fallos y ejercer su presupuesto, y se encarga de conocer y resolver las controversias que se suscitan entre la administración pública estatal, municipal, organismos auxiliares con funciones de autoridad y particulares.
También impone sanciones a servidores públicos por responsabilidad administrativa grave y a particulares que incurran en actos vinculados con ese tipo de faltas, finca el pago de responsabilidades resarcitorias, indemnizaciones, sanciones pecuniarias, derivadas de daños y perjuicios a la hacienda pública o al patrimonio de entes públicos locales y municipales.
Las y los magistrados son designados por la persona titular de la gubernatura, y ratificados con el voto de las dos terceras partes de la Legislatura. Duran 10 años en su encargo.
UAEMex
La misma Constitución señala que la Universidad Autónoma del Estado de México es un organismo público descentralizado del Estado de México, con personalidad jurídica y patrimonio propios, dotado de plena autonomía, con el fin de impartir la educación media superior y superior, realizar investigaciones, difundir y extender los avances del humanismo, la ciencia, la tecnología, el arte y otras manifestaciones de la cultura.
La o el rector es la máxima autoridad ejecutiva, su representante legal y presidente del Consejo Universitario y es electo por un periodo de cuatro años por dicho consejo.